A etapa de manutenção consiste em limpar e desobstruir as vias de transporte da água, principalmente para manter a boa qualidade da água e o bom funcionamento da bomba, essa manutenção deve acontecer Imprescindivelmente quando os poços apresentam sinais de alteração de cor e cheiro na água.

A elaboração de um programa de manutenção para poços varia em função das características da estrutura em questão. Poços mais antigos exigem intervenções em intervalos de tempo mais curtos em comparação a equivalentes mais novos. O tipo de solo onde a captação ocorre também interfere. Entretanto, Deve contemplar verificações de rotina e periódicas na estrutura e em equipamentos. Tais inspeções devem ter programação compatível com a intensidade de operação e com o tipo de equipamento instalado.

Além dos cuidados relacionados à manutenção, é necessário prestar atenção à qualidade da água, já que ela pode conter substâncias e partículas que podem comprometer o funcionamento e longevidade do poço, além de conter substâncias nocivas para a saúde que podem contaminar o lençol freático.
Por isso, sempre que possível, recomenda-se que análises químicas sejam feitas a fim de monitorar e identificar quaisquer variações na água subterrânea.